Un grupo de investigadores de Argentina desarrollaron un software de código abierto llamado “VICOS” (Vigilancia de CoInfección Viral) que permite identificar si una persona se ha contagiado con más de una variante de COVID-19.
El software fue utilizado para analizar mil 97 secuencias de SARS-CoV-2 en muestras clínicas obtenidas entre marzo de 2020 y agosto de 2021, donde los investigadores encontraron poblaciones mixtas de SARS-CoV-2 en el 2 por ciento de las muestras. Es decir, detectaron 23 casos de personas con coronavirus con dos variantes de COVID-19.
“Detectamos 23 casos de coinfecciones por SARS-CoV-2. El estudio detallado de los resultados de VICOS junto con un análisis filogenético adicional reveló 3 casos de coinfecciones por dos virus del mismo linaje, dos casos por virus de diferentes linajes genéticos, 13 eran compatibles tanto con la coinfección como con la evolución intrahuésped, y 5 casos probablemente eran una producto de la contaminación del laboratorio”, detalla el informe publicado en la revista Virus Reseach.
La infección simultánea por dos linajes diferentes del SARS-CoV-2 surgió por primera vez poco después del inicio de la pandemia en una mujer portuguesa de 17 años, que pese a tener un buen estado de salud, desarrolló una enfermedad grave por COVID-19.
Por otra parte, las superinfecciones por coronavirus suelen aparecer como una excreción viral prolongada y a condiciones subyacentes del huésped como la inmunosupresión.
En el software, tanto en la coinfección como en la superinfección, la identificación de las poblaciones mixtas de los patógenos es más fácil cuando la divergencia viral es alta sin embargo, puede ser difícil detectarse en entornos de baja heterogeneidad genética.
“La identificación de coinfecciones por SARS-CoV-2 es más importante teniendo en cuenta la aparición de variantes virales con potencial escape inmunitario y mayor transmisibilidad, que la OMS ha denominado variantes de preocupación o variantes de interés, y la posibilidad de recombinación viral entre ellas”, señalaron los investigadores en la publicación.
Los investigadores concluyeron que VICOS es una herramienta novedosa, rápida y útil para los laboratorios que realizan secuenciación genómica para vigilancia epidemiológica.
